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the project Products


The main product is the distributed database, integrating data from 40 biological collections. In August 2005, there were approximately 700 thousand records freely and openly available online. The project also structured a database with the main Plant Collectors in Brazil (Koch, I. & Shepherd, G.J.). The aim is to offer a source of information for taxonomic projects and collection digitization projects, where standard lists of collectors' names are of great use. Other deliverables generated through the project, grouped by categories include:


Scientific Production
  • Siqueira, M.F. 2005. Uso de modelagem de nicho fundamental na avaliação do padrão de distribuição geográfica de espécies vegetais. Tese de Doutorado. Ciências da Engenharia Ambiental, Escola de Engenharia de São Carlos, Universidade de São Paulo, Brasil.
  • Koch, I.; Peterson, A.T. & Shepherd, G. J. 2005. Distribuição potencial de espécies de Rauvolfia (Apocynaceae) e projeções para cenários climáticos do passado. In Resumos do 56º. Congresso Nacional de Botânica, Curitiba, Paraná. Accepted, August, 2005.
  • Meireles, L.D.; Shepherd, G.J.; Koch, I; Siqueira, M.F. Modelagem da distribuição geográfica de Araucaria angustifolia com projeções para cenários climáticos do passado.In: Resumos do 56º Congresso Nacional de Botânica, Curitiba, Paraná. Accepted, August, 2005.
  • Canhos, D.A.L., Canhos, V.P., Souza, S. 2005. Coleções Biológicas e Sistemas de Informação. Em Diretrizes e Estratégias para a Modernização de Coleções Biológicas Brasileiras e a Consolidação de Sistemas Integrados de informação sobre Biodiversidade. Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) and Ministério de Ciência e Tecnologia. July. online document
  • Canhos, D.A.L., Souza, S., Giovanni, R., Marino, A., Siqueira, M.F., Fonseca, R.L., Cruz, B.A. , Canhos, V.P. 2005. Estudo de Caso: Sistemas de Informação On-line - A experiência do CRIA. Em Diretrizes e Estratégias para a Modernização de Coleções Biológicas Brasileiras e a Consolidação de Sistemas Integrados de informação sobre Biodiversidade. Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e Ministério de Ciência e Tecnologia. June.online document
  • Bonaccorso, E., Koch, I, Peterson, A.T. Pleistocene fragmentation of Amazon species' ranges. Diversity and Distributions. Accepted, August, 2005.
  • Canhos, D.A.L. (coord.), Canhos, V.P., Souza, S., Siqueira, M.F., Muñoz, M., Giovanni, R., Marino, A., Koch, I., Fonseca, R.L., Umino, C.Y., Cruz, B. and Albano, A.P.S. 2004. Annual Technical Report. Sistema de Informação Distribuído para Coleções Biológicas: a Integração do Species Analyst e SinBiota. Fapesp. October. online document
  • Camaeron, A., Thomas, C.D., Green, R.E., Bakkenes, M., Beaumont, L.J., Collingham, Y.C., Erasmus, B.F.N., Siqueira, M.F., Grainger, A., Hannah, L., Hughes, L., Huntley, B., Jaarsveld, A.S., Midgley, G.F., Miles, L., Ortega-Huerta, M.A., Peterson, A.T., Phillips, O. & Williams, S.E. 2004. Will climate change catch us off guard? 2004. Conservation In Practice V5(2):28-30.
  • Canhos, D.A.L., Uhlir, P.F., Esanu, J.M. (Report editors). 2004. Access to Environmental Data: Summary of an Inter-American Workshop. Codata. July. online document
  • Canhos, D.A.L.; Chapman, A.; Canhos,.V.P. Study on Data-sharing with Countries of Origin. Relatório preparado para o Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Contract Report GBIFS/2003/04. 2004. online document.
  • Canhos, V. P. 2003. Centros de Recursos Biológicos: suporte ao desenvolvimento científico e inovação tecnológica. Ciência e Cultura 55:01, p. 27-29.
  • Canhos, V. P. 2003. Informática para Biodiversidade: padrões, protocolos e ferramentas. Ciência e Cultura.55:02, p.45-47.
  • Canhos, V. P.; Souza, S.; De Giovanni, R. & Canhos, D. A. L. 2004. Global Biodiversity Informatics: Setting the Scene for a "New World" of Ecological Modeling. Biodiversity Informatics, 1, pp. 1-13 ISSN: 1546-9735. online document
  • Canhos, V.P., Canhos D.A.L., Souza, S. 2004. Construindo a Rede Interamericana de Informação sobre Biodiversidade - IABIN, Sub-região 2 - Brasil, Fase II. Relatório para a Organização dos Estados Americanos. July.
  • Canhos, V.P., Canhos D.A.L., Souza, S. 2004. Informação Ambiental e Práticas de Cidadania em "Práticas de Cidadania". 89-100. organizador: J. Pinsky. Editora Contexto. ISBN: 85-7244-265-0.
  • Canhos, V.P., Canhos D.A.L., Souza, S. 2004. Informática para Biodiversidade no Brasil. Relatório para a Organização dos Estados Americanos. July.
  • Chapman, A. D.; Muñoz, M. E. S. & Koch, I. 2005. Environmental Information: Placing Biodiversity Phenomena in an Ecological and Environmental Context. Biodiversity Informatics, 2, pp. 24-41
  • Chapman, A.D. 2004. Sistema de Informação Distribuído para Coleções Biológicas: Project Report. Fapesp/Biota process no. 2001/02175-5. March 2003 - March 2004. online document
  • Doring M. & De Giovanni R. September 2004. "A unified protocol for search and retrieval of distributed data." preparado para o Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Contract Report GBIFS - CRIA. online document
  • Durigan, G. Siqueira, M.F., Franco, G.A.D.C. & Contieri, W. A. 2004. A Flora Arbustivo-Arbórea do Médio Paranapanema: Base para a Restauração de Ecossistemas Naturais. In: Pesquisas em Conservação e Recuperação Ambiental no Oeste Paulista. Resultados da Cooperação Brasil/Japão. Bôas O.V. & Durigan, G. (eds.). Instituto Florestal - Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo e Japan International Cooperation Agency - JICA. Páginas e Letras Editora e Gráfica. São Paulo, SP.
  • Durigan, G., Siqueira, M. F., Franco, G. A. D. C., Bridgewater, S., Ratter, J. A. 2003. The vegetation of priority areas for cerrado conservation in São Paulo State, Brazil. Edinburgh Journal of Botany. Edinburgh, Escócia, v.60, n.2, p.217 - 241
  • Durigan, G.; Baitelo, J.B.; Franco, G.A.D.C. & Siqueira, M.F. 2004. Plantas do Cerrado Paulista . Imagens de uma paisagem ameaçada. Instituto Floresta, Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo. Japan International Cooperation Agency - JICA. Páginas e Letras Editora e Gráfica, São Paulo, SP.
  • Durigan, G.; Ratter, J. A.; Bridgewater, S. ; Siqueira. M. F. e Franco, G. A. D. F. 2003. Padrões fitogeográficos do cerrado paulista sob uma perspectiva regional. Hoehnea 30(1):39-51.
  • Fonseca, R. L. Sistema de Análise de Similaridade de Áreas, online document. Monografia apresentada no Curso de Especialização, Modalidade Extensão Universitária em Geoprocessamento, Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP, Departamento de Geociências, novembro/2003
  • Fonseca, R. L.; P.R. Guimarães; S. R. Morbiolo; R. S. Pereira, and A. T. Peterson. 2005. Vulnerability of Brazilian national parks to invasion by the alien weed Crotalaria pallida Ait. (Fabaceae). Weed Science. (In press)
  • Fonseca, R. L.; Bueno, R.; Guimarães, P.R. & Galetti, M. Predicting the potential the invasion of exotic marmosets (Callithrix spp.) in southeastern Atlantic Forest: genetic contamination of endemic marmoset (submitted)
  • Marino, A. Ferramenta de classificação da qualidade da água da Bacia do Rio Piracicaba (PCJ) na WEB online document. Monografia apresentada no Curso de Especialização, Modalidade Extensão Universitária em Geoprocessamento, Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP, Departamento de Geociências, novembro/2003
  • Pavarin, F. Uso de SIG na identificação de áreas para recuperação ambiental da Bacia do Médio Paranapanema. Monografia apresentada no Curso de Especialização, Modalidade Extensão Universitária em Geoprocessamento, Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP, Departamento de Geociências, novembro/2003
  • Peterson, A. T.; Schachetti, R. P. & Kluza, D. A. 2003. Avaliação do potencial de invasão de Homoladisca coagulata na costa oeste da América do Norte e na América do Sul. Rev.BiotaNeotropica,v.3,n.1. online document
  • Siqueira, M. F. & Peterson, A. T. 2003. Consequências das mudanças climáticas globais na distribuição geográfica de espécies arbóreas de cerrado. Revista Biota Neotropica vol 3, n. 2. (online document)
  • Thomas, C. D.; Cameron, A.; Green, R. E.; Bakkenes, M.; Beaumont, L. J.; Collingham, Y. C. Erasmus, B. F. N.; Siqueira, M. F.; Grainger, A. & Hannah, L. 2004. Extinction risk from climate change. Nature., v.427, n.8, p.145 - 148.
  • Uehara-Prado, M. & Fonseca, R. L. Distribution of the Fluminense Swallowtail in Brazil: Urbanization, protected areas and conservation of a threatened butterfly. (submitted)
Training

  • One year visit of Dr. Arthur Chapman, former Scientific Coordinator of Biogeographic Information at ERIN in the 1990s. He has extensive experience in systematic botany and bibliography, serving on several International committees dealing with Botanical Nomenclature and Data Standards. Arthur has considerable experience in the area of data standards, data quality and data validation particularly with respect to biological data and its use in geographic information systems. At CRIA he worked on the development of data cleaing and modelling tools.
  • Visit of Prof. A. Townsend Peterson, PhD, curator-in-charge and assistant professor at the Natural History Museum and Biodiversity Research Center - University of Kansas - KS, USA to Brazil, from June to July 2002;
  • Training course: "Tools for Species Ecological Niche Modeling", given by Prof. A. Townsend Peterson and Ricardo Scachetti Pereira at CNPTIA Embrapa, Campinas, SP, June 19 to 20, 2002
  • Pos-doc scholarship to Ingrid Koch, PhD
  • Technical Training scholarship to
    • Luiz Felipe Mania, Bolsa: TT1, Collection: HRCB
    • Carla Fernanda Nardin, Bolsa: TT1, Collection: IAC
    • Anna Carolina Pastorek , Bolsa: TT3, Collection: IAC
    • Carolina Soares Iatesta, Bolsa: TT1, Collection: IAC
    • Luciana Bastos de Queiroz Lima, Bolsa: TT3, Collection: IAL-roedores
    • Reginaldo Almazan, Bolsa: TT3, Collection: IAL-aves
    • Mariana Ferreira, Bolsa: TT3, Collection: IBSBF
    • Cesar Augusto Falcetti, Bolsa: TT3, Collection: IBSP-Herpeto
    • Denise de Araujo Alves, Bolsa: TT3, Collection: CEPANN
    • Paulo Antonio da Silva, Bolsa: TT3, Collection: MEFEIS
    • Leonardo Corniani Dias, Bolsa: TT3, Collection: MEFEIS
    • Alex Franceschet, Bolsa: TT3, Collection: MZUSP
    • Marcos Yoshihiro Yokoi, Bolsa: TT3, Collection: MZUSP
    • Thaís Maestri Rodrigues, Bolsa: TT3, Collection: RPSP
    • Juliana Venâncio de Oliveira, Bolsa: TT1, Collection: RPSP
    • Kátia Freire da Silva, Bolsa: TT3, Collection: SP
    • Viviane Yuri Jono, Bolsa: TT1, Collection: SPFw
    • Marcelo Rodrigo Pace, Bolsa: TT3, Collection: SPFw
    • Priscila Bongiorno, Bolsa: TT3, Collection: SPSF
    • Ana Paula Fortuna, Bolsa: TT3 , Collection: UEC
    • Sérgio Morbiolo, Bolsa: TT3 , Collection: UEC
    • Bruno Leite Tacarambí, Bolsa: TT2 , Collection: UEC
    • Janete Moscardi, Bolsa: TT3, Collection: UEC
Organization of Scientific Events

Software Development

  • Distributed Generic Information Retrieval (DiGIR) in collaboration with international partners;
  • DesktopGarp, a software package for ecological niche modeling, in collaboration with the Natural History Museum and Biodiversity Research Center - University of Kansas - KS, USA and the San Diego Supercomputer Center
  • openModeller, an open source tool for static modeling of spatial distribution, developed in collaboration with international partners.
  • dataCleaning, a tool to help collections in the process of detecting possible erros.
  • speciesMapper, a tool that enables the visualization of coordinates on a map.
  • geoLoc, a tool developed to help collection in georeferencing data.
  • spOutlier, a tool that detects outliers in latitude, longitude and altitude using techniques modified from Chapman, 1999.
  • Conversor, a tool that converts different types of representations of geographic coordinates and datums.
Support to Biological Collections

  • Support to computerization process in some biological collections and technical support on their collection management software
  • Brief collection management software evaluation (Biota, Specify, Brahms e BioLink)


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Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo