A coleção de Anfíbios e Répteis foi implementada em 1985 e conta atualmente com 18.850 espécimes tombados, contendo exemplares provenientes de toda a bacia Amazônica. Aproximadamente 80% são representados por anfíbios e 20% por répteis. A maior parte do material é conservada em via líquida (álcool 70%) e abriga também material em via seca como carapaça de quelônios e peles de jacarés, acondicionados em armários com naftalina. A coleção apesar de ser uma coleção regional, atualmente vem crescendo rapidamente, com novas entradas de material biológico, novas espécies, espécies endêmicas e novos registros. Cada espécie tombada recebe seu próprio sistema de numeração o acrônimo INPA-H. O público-alvo da coleção são pesquisadores, estudantes em geral que solicita o material para empréstimo para pesquisas cientificas. A coleção oferece também material didático que são materiais sem procedência ( localidade, coletor e data de coleta). Esses materiais são usados para empréstimo a escolas e faculdades, com o objetivo dos estudantes obter conhecimentos sobre os anfíbios e répteis existente na região Amazônica.
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