As Coleções de Invertebrados do MHNCI possuem acervos regionais de materiais oriundos dos Estados do Paraná e de Santa Catarina, União Federativa do Brasil.
As Coleções de Mollusca, Arachnida, Crustacea, Chilopoda e Diplopoda estão organizadas em lotes e conservados em meio líquido em álcool 70%. A Coleção de Arachnida possui 8075 lotes.