A coleção de Foraminifera tem principalmente espécimes que ocorrem na margem continental brasileira, embora tenha também material procedente de outros países. Possui um acervo com mais de 241.460 foraminíferos estudados e identificados, perfazendo cerca de 700 espécies. Esta coleção encontra-se em fase de digitalização. As coleções de trabalho encontram-se disponíveis em mais de 1587 lâminas, com exemplares identificados em nível de espécie ou gênero . As coleções encontram-se preservadas em via seca, conforme as normas técnicas de preservação e acondicionamento utilizadas para o grupo. O público alvo é composto principalmente por pesquisadores de instituições nacionais e estrangeiras, por prestadores de serviço atuando na área de biologia, geologia e avaliação ambiental, além de estudantes de graduação e pós-graduação.