A coleção de girinos conta com mais de 327.521 exemplares de 135 espécies, pertencentes a 30 gêneros de 11 famílias de anuros brasileiras e com o estágio de desenvolvimento determinado para cada exemplar. É uma coleção principalmente estadual, contendo girinos de mais de 15 localidades da região noroeste do Estado de São Paulo e de áreas de Mata Atlântica (Atibaia, Bertioga, Serra da Mantiqueira) e de Floresta Estacional (Parque Estadual do Morro do Diabo), além de áreas de Mata Atlântica do Estado do Paraná (Floresta Ombrófila Densa e Floresta com Araucária). A Coleção contém exemplares de amostras freqüentes e periódicas, tanto de adultos quanto de girinos, obtidas nos mesmos locais, em estudos de longo prazo. Isso a torna uma fonte importante para estudos de longo termo em Ecologia de Comunidades, podendo ser verificados, por exemplo, padrões de ocorrência sazonal e flutuações populacionais e para análises de variação morfológica intra-específica.
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