As coleções de plantas vivas do Jardim Botânico da FZB-BH, totalizando 4209 registros, estão distribuídas segundo os principais biomas brasileiros: Mata Atlântica e florestas tropicais, Cerrado e Campos Rupestres, Caatinga e ambientes áridos. Este acervo está constituído, em sua maioria, por coleções de plantas nativas de Minas Gerais; apresenta 281 espécies ameaçadas de extinção presentes nas listas oficiais do Brasil e de Minas Gerais. As coleções ex situ são reconhecidas como uma das mais importantes ferramentas para a conservação da biodiversidade disponíveis aos jardins botânicos e tem diferentes propósitos: resgatar e manter germoplasma ameaçado de extinção; viabilizar estudos em taxonomia, ecologia, etnobotânica e horticultura; produzir material para reduzir a pressão das coletas; produzir material educacional para conservação e exibição.