O acervo apresenta aproximadamente 16.500 espécimes que representam, especialmente a biodiversidade do sul do Pantanal. A coleção inclui espécies das áreas de planície, periodicamente inundada e das áreas secas, das morrarias calcárias e do Planalto Residual do Urucum, onde predominam solos ferruginosos. O acervo também contempla uma representativa coleção de pteridófitas e uma xiloteca com amostras do Pantanal sul-mato-grossense.