As Coleções de Invertebrados do MHNCI possuem acervos regionais de materiais oriundos dos Estados do Paraná e de Santa Catarina, União Federativa do Brasil.
As Coleções de Mollusca, Arachnida, Crustacea, Chilopoda e Diplopoda estão organizadas em lotes e conservados em meio líquido em álcool 70%. A Coleção de Crustacea totaliza 2569 lotes.
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